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第644章 變異内切酶(第1頁)

半年多來他們已經模拟過上百種不同的細菌,收集的數據已經很豐富,模拟的過程也比原型機剛安裝好的時候快了好幾倍。

尤其他們正在演化的這種比較原始的細菌,基因組比酵母菌更簡單,十幾分鐘就完成了第一隻演化,隔了幾分鐘又分裂出第二隻,接着就從兩隻變成四隻,四隻變成八隻,演化速度越來越快,屏幕上很快就飄滿了球狀的細菌。

随後,曾凡操作程序釋放出變種噬菌體,雙方的體積差距巨大,屏幕上的細菌有乒乓球大小,噬菌體隻有米粒大小,慢慢的靠近一個細菌,輕而易舉的穿透細胞壁進入了細菌體内。

噬菌體進入細菌體内後,利用細菌内部的各種營養物質,開始快速的進行分裂增殖,因為個體比較小,速度比剛才細菌的分裂速度還快,幾分鐘就充滿了細菌内部的空間。

突然間,被入侵的細菌無聲的炸開了,上百隻新生的噬菌體四散開來,各自找尋目标入侵其他的細菌。

“這種噬菌體好像增殖速度更快,以前沒有見過,布萊頓,是你的新作品嗎?”黛西看着屏幕問道。

“我們主要是觀察細菌,實驗中這些噬菌體被全部消滅了!”布萊頓回答道。

噬菌體形狀是一個近似橢圓形的多面體下面連着一個長杆,長杆下面一圈分布着六隻蚊子腿一樣的長腿,六條腿中間還有一根長刺,它們自身體積非常小。

那些細菌相對他們來說就是龐然大物,六條長腿落在細菌上面後,很輕易的就穿透外面的一層膜進入細菌内部,重現剛才的局面。

又是十幾分鐘過去,剛才滿屏幕的細菌隻剩下少數幾個,滿屏幕的都是這種長腿的錘子一樣的噬菌體,沒有了細菌可以寄生繁殖,它們也在慢慢死去。

那幾隻幸存的細菌并沒有爆炸,内部的噬菌體反而慢慢在減少,僅存的一些也失去了活性,不再增殖,慢慢的整個身體都被細菌内部物質分解掉。

細菌又開始了分裂,數量持續增加,慢慢的開始占滿屏幕。

因為過去并沒有關注過這種情況,這些噬菌體被消滅掉的過程在顯示的畫面上完全看不出來。

曾凡查看後台演化的數據,噬菌體的基因物質存儲在頭部的多面體内,進入細菌内部後,噬菌體用于遺傳的這些堿基序列開始借助細菌内部的各種物質快速進行自我複制,同時制造出RNA開始生成自身增殖需要的各種蛋白質和生物酶,最後生成一個個新的噬菌體。

細菌内部自身基因的堿基序列也在自身各種生物酶的作用下也在進行着自我複制,一條條的堿基序列亂糟糟的糾纏在一起,時而互相糾纏,時而又分開。

一個個不同的氨基酸分子,核糖分子,被按照某個堿基序列模闆拼接在一起,形成長長的肽鍊,然後按照某種規則折疊壓縮成為一個新型蛋白質或者生物酶。

整個場景仿佛一個猛一看雜亂無章,但又有一定規則超大型工廠一樣,纏繞在一起的長長的DNA堿基序列被解旋酶解開螺旋,在聚合酶的作用下按照DNA堿基序列收集散落的堿基組裝成一個個的信使RNA,更短的轉運RNA,則按照信使RNA上面的序列信息将一個個符合要求的氨基酸小分子搬運過來,拼接到一起形成肽鍊。

解螺旋的DNA堿基序列被翻錄成信使RNA的同時,也在搜集細菌内部遊離的各種堿基片段不斷的拼接,進行着自我複制,長長的序列翻譯完一遍的同時,一條新的堿基序列也複制完成了。

那些噬菌體的DNA混進這個亂糟糟的工廠裡面,偷偷的幹私活挖牆腳,它們DNA的堿基序列比較短,複制的比較快,往往很快就能占據優勢,化公為私,把這個工廠所有資源全部轉換為自己需要的物質,然後爆炸解體。

在這個雜亂有有序的工廠裡面,長長的DNA序列就好像生産模具集合體,所有的不同功能的RNA分子都是根據DNA上面的片段轉錄出來的,RNA又互相作用生産出各種生物酶和蛋白質。

各種生物酶又反過來配合DNA和RNA的轉錄和生産,解旋酶負責将纏繞在一起的DNA堿基鍊條解開,聚合酶負責按照DNA上面的序列生成信使RNA,而每一個信使RNA拼接完後,會有另一種内切酶将其與後面的序列切斷,開始按照自身獲得的序列去拼接氨基酸分子,生産新的蛋白質或者生物酶。

這些生物酶就好像設定好程序的機器一樣,并不知道自己工作的目的,隻會不斷重複單一的工作。

比如說這種負責切斷信使RNA的内切酶,它們并不知道切斷的是什麼,隻是按照自身模闆不斷匹配各種堿基鍊條,遇到符合自身模闆的地方就咔嚓切斷。

然後偶然一次内切酶遇到了入侵的噬菌體基因的堿基鍊條,竟然也有一個片段能匹配上,咔嚓一下也切斷了,打斷了這個噬菌體的複制,并且被切斷的這段噬菌體基因片段恰巧被聚合酶捕獲,拼接成了一個變異的信使RNA。

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這個變異的信使RNA又根據自身模闆拼接出一種變異的内切酶,這種變異内切酶記錄了噬菌體的基因片段,然後開始不停的重複工作,入侵的噬菌體基因被咔嚓切斷,然後又被制作成新的變異信使RNA。

循環往複中,入侵的噬菌體被消滅幹淨,而它們的基因片段也被插入到細菌的DNA鍊條之中,相當于天然具備了這種噬菌體的免疫能力,入侵的噬菌體的堿基序列會被記錄它們基因片段的變異内切酶切成兩段,從而喪失增殖能力。

整個細菌反入侵的過程超算都有詳細的數據産生,隻是這些複雜的數據不能生成逐一對應的視頻信息,他的程序是以數據演化模拟為主,如果都生成視頻信息,那需要的算力再多也不夠用,微觀世界展現出來,蘊含的信息量比宏觀世界更大。

對這些信息的解讀曾凡當然更專業,程序就是他寫出來的,他還整天和模拟程序打交道,當然,布萊恩和黛西這半年也沒少用超算做演化模拟,他們對細菌體内的作用機理比曾凡認識更深刻。

“或許細菌體内這種變異的内切酶才是我們需要的編輯工具,它們效率很高,剪切也很精準!”布萊頓雙手環抱,一隻手摩挲着下巴上亂糟糟的胡須說道。

“如果能給它們配上任意的堿基序列模闆,我們理論上就能在基因組任意位置進行編輯,它們切斷的位置還可以和其他對應序列自動粘合,簡直就是天然編輯工具!”曾凡也認同他的意見。

“十幾年前就有關于内切酶的論文,隻是大家沒有這麼詳細的認知,或許我們應該調整實驗重點,以前很多實驗中的細菌都産生噬菌體抗性,沒有引起我們足夠的重視!”黛西有點懊惱的說道。

“我會增加程序中關于這種内切酶的視頻輸出,讓你們觀察的更加直觀,自然界中的細菌那麼多,或許隻需要搜集到足夠的種類,就能獲得足夠多的天然剪刀,根據需要對不同的基因序列進行編輯!”曾凡思索着說道。

“知道了這些病菌産生抗性的原理,我們可以更有針對性的挑選噬菌體,讓它們沒辦法産生抗性!”布萊頓又轉移到殺菌實驗的話題。

“帕米拉說的沒錯,曾,你果然是個奇迹小子,這個發現意義非常重大!”黛西笑道。

“黛西,先不要高興的太早,現在也隻是模拟出來的結果,在實驗室裡面證實出來,我們還有很多的工作要做!”布萊頓潑冷水道。

“你可真掃興!”

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